抗生素在防治傳染病及感染性疾病中起重要作用，如果用藥不當，也會產生許多不良后果。因此，在應用抗生素時應注意以下問題：
，準確地診斷疾病，正確地選擇藥物。獸醫在檢查過病豬及其生長場所后，必須依靠自己的經驗和判斷，進行預測性診斷，以便對病豬選擇適當的治療藥物，進行初步治療。假如獸醫把使用抗生素作為其治療方案的一部分，就要正確地選擇抗生素種類。
同時，獸醫還必須與飼養者一同診斷病情，以確保治療方案的正確性。嚴格掌握適應癥，選擇抗菌藥物時，應結合臨床診斷、致病微生物的種類及其對藥物的敏感性，并根據癥狀輕重，選擇對病原微生物敏感和臨床療效較好、不良反應較少的抗菌藥物。
對革蘭氏陽性菌引起的病癥應青霉素G；次選四環素、慶大霉素、先鋒霉素、增效磺胺、磺胺藥。對革蘭氏陰性菌引起的病癥卡那霉素、慶大霉素、鏈霉素、多粘菌素；次選增效磺胺、磺胺藥、四環素類、青霉素。
第二，劑量使用要適當，太小起不了治療作用，太大造成浪費并可引起嚴重不良反應。一般開始應用時劑量宜稍大，以便給病原微生物以決定性打擊；對急性傳染病和嚴重感染時，劑量也宜稍大；而肝、腎功能不良時，按所用抗生素藥物對肝、腎影響程度而酌減用量：。
藥物的治療要視病情而定。一般傳染病和感染性疾病應連續用藥3～5天，直至癥狀消失后再用1～2天，切忌停藥過早而導致疾病復發。
給藥途徑也應適當選擇，嚴重感染時多采用注射給藥，一般感染和消化道感染以內服為宜，但嚴重消化道感染而引起菌血癥或敗血癥時，應選擇注射法與內服并用。
第三，防止細菌產生耐藥性，控制耐藥菌傳播。抗生素耐藥性是指某些會被抗生素抑制的細菌，在與抗生素接觸后仍具有生存能力。對抗生素產生耐藥性，通常是長期使用抗生素的結果。同時，對抗生素的過量和不正確的使用，將會加速耐藥性的產生。
耐藥性還具有遺傳性，細菌會把它們的耐藥基因傳遞給自己的“子孫后代”，使其在與抗生素接觸時生存和增殖。而某些細菌具有天然的抗生素耐藥性，其耐藥性基因會在其DNA中某一部位聚集起來。科學研究已發現了這種耐藥性基因在物種內，甚至跨物種的病菌與病菌之間的傳遞的途徑。如葡萄球菌在長期接觸青霉素后，產生抗青霉素的水解霉，破壞青霉素，從而形成一種耐藥金黃色葡萄球菌，給臨床治療增加了困難。
嚴格掌握抗菌藥的適應癥，劑量要充足，療程要適當，以有效血藥濃度，來控制耐藥菌發展，必要時可采取聯合用藥。
診斷不確切時，不宜輕易應用抗菌藥物。另外，避免長期預防性給藥、對污染場所徹底消毒、有效抗菌藥物分批交換使用，這對防止耐藥菌株形成和傳播均有效。
第四，妥善保管抗生素，在一般的藥品標識中，都有正確保存抗生素的方法，要嚴格按標識說明進行妥善保存，對保存的抗生素應至少每年檢查一次，以便發現和清除過期失效的抗生素。飼用抗生素應在標識清楚、防水的容器里保存，并應保存每種抗生素的使用記錄。
目前，抗生素主要從微生物的培養液中提取，有些已能人工合成或半合成，這就擴大了抗生素的來源，同時為改善其抗菌性能，減少副作用，擴大其臨床應用范圍開辟了廣闊的天地。
潤牧康生物總結：抗生素是對抗致病微生物的有力武器，在防治細菌感染和各種傳染病方面，都有重要意義。